Cây hướng dương bị hư thối gốc sau đó héo rũ và chết gọi là bệnh thối gốc héo rũ. Bệnh này có thể do một số loại nấm và vi khuẩn gây ra như: Fusarium oxysporum, F. lycopersici, Sclerotium rolfsii Sacc, Pseudomonas solanacerum... Những  triệu chứng điển hình như ở phần gốc cấy sát với mặt đất có vết màu nâu nhạt hơi lõm vào, sau đó cứ lan rộng dần ra, bên trong chứa nhiều hạt nhỏ li ti màu nâu đen, xung quanh chỗ thối có một lớp bông xốp màu trắng như bông gòn, nếu nặng có thể làm cây héo rũ và chết thì có thể kết luận rằng cây hoa hướng dương bị nấm Sclerotium rolfsii Sacc gây ra là chính.

Nấm bệnh này thường tấn công vào phần gốc của cây giáp với mặt đất. Ban đầu vết bệnh chỉ là một đốm nhỏ có màu nâu, hơi bị lõm vào, sau đó phát triển rộng dần ra bao quanh gốc rối lan xuống tận cổ rễ dưới mặt đất. Chỗ bệnh bị thối và phân hủy dần.Sau đó rễ chuyển sang màu nâu đen và thối mục. Bệnh làm cho những lá phía dưới gốc bị héo vàng trước và rụng, sau đó các lá phía trên héo rũ và chết khô.

Nếu gặp điều kiện ẩm ướt chỗ bị bệnh xuất hiện một lớp mốc màu trắng. Sau đó hình thành nhiều hạch nấm, ban đầu những hạch này có màu trắng, sau đó chuyển dần sang màu nậu nhạt, rồi màu nâu đậm, có kích thước khoảng 0,5-1mm. Những hạch nấm này tồn tại trong đất và là nguồn bệnh cho năm sau.

Ngoài cây hướng dương, nấm bệnh còn gây hại trên nhiều loại cây trồng khác thuộc họ cà, họ đậu đỗ... Do ký chủ rất đa dạng, thức ăn phong phú và luôn có sẵn trên đồng ruộng, nên việc phòng ngừa bệnh đôi khi cũng gặp không ít khó khăn do rất khó cắt được nguồn bệnh trên đồng ruộng.

Để hạn chế tác hại của bệnh: 

- Sau khi thu hoạch dọn sạch tàn dư của cây hoa hướng dương (nhất là phần rễ) đưa ra khỏi ruộng. Trước khi thực hiện vụ sau cần dọn sạch lại lần nữa những tàn dư còn sót lại, kể cả tàn dư của những cây ký chủ khác (như đã nói ở trên) đưa ra khỏi ruộng rồi tiêu hủy để hạn chế nguồn bệnh ban đầu cho vụ sau.

- Cày bừa, xới xáo đất kỹ để chôn vùi nguồn bệnh

- Lên liếp cao ráo, thoát nước, tránh để ruộng hoa bị ẩm ướt trong mùa mưa, góp phần hạn chế độ ẩm cao trong đất.

- Không nên bón quá nhiều phân đạm, nên tăng cường bón thêm phân hữu cơ hoại mục và nhất là phân kali và phân lân để tăng cường sức chịu bệnh cho cây.

- Để tăng cường sức khỏe cho hạt giống, không nên lấy hạt ở những ruộng đã bị bệnh gây hại nhiều để làm giống cho vụ sau. Trước khi gieo cần xử lý hạt giống bằng nước 3 sôi 2 lạnh trong vòng 10-15 phút.

- Với những cây bị bệnh nặng cần nhổ bỏ cả gốc rễ và đưa ra khỏi ruộng tiêu hủy, sau đó khử trùng chỗ gốc vừa nhổ bằng vôi bột hoặc Formol 2%.

- Kiểm tra ruộng hoa thường xuyên, khi phát hiện cây chớm bị bệnh có thể dùng một vài loại thuốc như: Topsin M 70WP; Topan 70WP; Daconil 75WP hoặc 500SC... xịt 2-3 lần, mỗi lần cách nhau khoảng 10-15 ngày.

- Nếu đã áp dụng nhiều biện pháp mà bệnh vẫn không giảm chứng tỏ ruộng hoa của bạn bị nhiều mầm bệnh quá nhiều, trong trường hợp này nếu điều kiện cho phép bạn nên luân canh với cây trồng nước một vài vụ.

Trích: Hỏi đáp về phòng trừ dịch hại cây trồng (quyển 3) Cây hoa kiểng - Nhà xuất bản tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh